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Im Jahr 2002 wurde erstmals ein kleines Vorkommen des rund zwei Zentimeter langen Höckerflohkrebses am Untersee entdeckt. Heute besiedelt dieser aus dem Schwarzmeerraum stammende Krebs das gesamte Bodenseeufer und hat die kleinere heimische Flohkrebsart weitgehend verdrängt. Die asiatische Körbchenmuschel trat erstmals im Herbst 2003 am Rohrspitz in Erscheinung und ist heute beinahe am gesamten Bodenseeufer anzutreffen. Die aktuellste Beobachtung: Im Sommer 2006 wurde an einem Uferabschnitt in Hard die Schwebgarnele Limnomysis erstmals vorgefunden. Sie bildet heute an manchen Stellen im See riesige Schwärme und ist in kürzester Zeit zu einen bedeutenden Glied in der Nahrungskette des Bodensees geworden.
Bislang stammen die meisten neuen Tierarten im Bodensee aus Regionen mit ähnlichen klimatischen Bedingungen. Es ist jedoch davon auszugehen, dass aufgrund des Klimawandels auch Tierarten aus wärmeren Regionen in den Bodensee vordringen. Ein Hinweis in diese Richtung ist das Auftreten einer Süßwasserqualle, die im extrem heißen Sommer 2003 in der Bregenzer Bucht verstärkt auftrat. 
Neue Tierarten, auch Neozoen genannt, können über verschiedenste Wege in den Bodensee gelangen. Aus dem Schwarzmeerraum etwa auf dem Wasserweg über den Main-Donau-Kanal und den Rhein, als „blinde Passagiere“ mit Wanderbooten, durch unbedachte Freisetzung von Aquarientieren oder durch unsachgemäße Fisch- und Krebsbesätze.
Bei starker Ausbreitung können Neozoen erhebliche Veränderungen im ökologischen Gefüge des Sees bewirken und auch Wassernutzungen beeinträchtigen. Die in den 1960er Jahren eingeschleppte Dreikantmuschel, die sich massenhaft in der Uferzone entwickelte, zeigte dies sehr deutlich auf.
In einem seeweiten Forschungsprojekt „ANEBO – Aquatische Neozoen im Bodensee“, bei dem auch das Land Vorarlberg über das Umweltinstitut vertreten war, wurde in den vergangenen drei Jahren die Ausbreitung verschiedener Neozoen im Bodensee und mögliche ökologische Konsequenzen unter die Lupe genommen. Es wurden auch Vorsichtsmaßnahmen erarbeitet, um die weitere Einschleppung von Neozoen durch Wanderboote oder Aquarienhaltung möglichst zu verhindern.
Die Beobachtungen über die Entwicklung der neuen Tierarten im Bodensee wird weiter geführt, um mögliche Einflüsse dieser Arten auf das Ökosystem Bodensee besser abschätzen zu können.
Von den Gewässerschutzfachstellen am Bodensee wurde unter Federführung des Umweltinstituts eine interessante Broschüre über die Neuankömmlinge im Bodensee mit Ergebnissen aus dem Forschungsprojekt verfasst.
Die Broschüre „Neue Tierarten im Bodensee – Herausforderung für den Gewässerschutz“ finden Sie weiter unten im Download-Bereich. Die Broschüre kann auch beim Umweltinstitut unter 05574 / 511- 42099 kostenlos bezogen werden.