Konferenz der Regierungschefs
Seit 1979 treffen im Rahmen der Konferenz der Regierungschefs einmal im Jahr die Regierungschefs der Mitgliedsländer und -kantone zusammen. Ein Regierungschef kann durch ein anderes Mitglied der Regierung als ständiger Vertreter vertreten werden.
Die Konferenz der Regierungschefs berät über wichtige gemeinsame politische Anliegen und Zielsetzungen der Bodenseeregion und beschließt das Arbeitsprogramm des kommenden Jahres. Sie verabschiedet auch Empfehlungen und Resolutionen, zB an die Bundesregierungen oder die europäischen Institutionen, um auf die Anliegen der Bodenseeregion im nationalen und internationalen Umfeld aufmerksam zu machen. Die Beschlüsse werden einstimmig gefasst.
Neben der Konferenz der Regierungschefs findet zusätzlich einmal jährlich eine mehr informelle Begegnung der Regierungschefs, das sogenannte "Strategiegespräch", statt. Es bietet die Möglichkeit, in ungezwungenem Rahmen über neueste Entwicklungen und zu verfolgende Anliegen zu diskutieren.
Vorsitzender der IBK ist der Regierungschef eines Mitgliedslandes oder -kantones (oder ein anderes Mitglied der Regierung). Seit 2003 wechselt der Vorsitz jährlich.
Ständiger Ausschuss
Der Ständige Ausschuss ist ein Gremium leitender Beamter aus den Mitgliedsländern und -kantonen. Der Ständige Ausschuss agiert als vorbereitendes und ausführendes Organ der IBK und befasst sich mit grundsätzlichen Fragen. Er tagt mehrmals jährlich, in der Regel dreimal pro Jahr.
Der Ständige Ausschuss besteht aus je einem von den Regierungen der Mitgliedsländer und -kantone entsendeten Vertreter. Weiters gehören dem Ständigen Ausschuss von Seiten des Freistaates Bayern der Landrat des Landkreises Lindau und von Seiten des Landes Baden-Württemberg in zweijährlichem Wechsel entweder der Landrat des Landkreises Konstanz und der Regierungspräsident von Tübingen oder der Landrat des Bodenseekreises und der Regierungspräsident von Freiburg an.
Teilweise finden die Sitzungen als so genannter "erweiterter" Ständiger Ausschuss statt. In diesem Fall nehmen zusätzlich die Vorsitzenden der Kommissionen und Projektgruppen, ein Vertreter der Internationalen Gewässerschutzkommission für den Bodensee (IGKB) und der Geschäftsführer der IBK teil.
Der Ständige Ausschuss wird von jenem Land präsidiert, welches den Vorsitz der IBK führt. Diesem Land obliegt dann jeweils die Führung des nicht fest eingerichteten Sekretariates.
Kommissionen/Projektgruppen/Arbeitsgruppen
Zur Vorbereitung und Durchführung der Beschlüsse der Konferenz der Regierungschefs und des Ständigen Ausschusses bestehen folgende Kommissionen der Internationalen Bodenseekonferenz (IBK):
Weiters können zur Bearbeitung spezifischer Probleme vom Ständigen Ausschuss Projekt- bzw Arbeitsgruppen mit einem befristeten Auftrag eingesetzt werden.
Kommission Verkehr
Verkehrsfragen spielten in der Internationalen Bodenseekonferenz (IBK) seit jeher eine Rolle. Schon früh wurde deshalb eine Kommission Verkehr eingesetzt. Ihre Aufgaben liegen in der Lösung grenzüberschreitender Verkehrsprobleme im Bodenseeraum, wie zB die Förderung und gegenseitige Abstimmung des öffentlichen Personennahverkehrs (Abstimmung der Fahrpläne, Herausgabe eines gemeinsamen Fahrplanes, Vorbereitung eines Verkehrsverbundes etc) und die verbesserte überregionale Schienenanbindung des Bodenseegebietes. Die Kommission war an der Einführung der Tageskarte Euregio Bodensee maßgeblich beteiligt.
Kommission Umwelt
Ebenso wie der Verkehrsbereich ist auch der Umweltbereich ein Thema der "ersten Stunde" der Internationalen Bodenseekonferenz (IBK). Fragen im Zusammenhang mit dem Gewässerschutz haben die IBK von Beginn an beschäftigt. Aufgabe der Kommission ist das Aufgreifen und Lösen grenzüberschreitender Probleme im Hinblick auf die Erhaltung einer gesunden Umwelt und eines gesunden Sees als Grundlage für die im Bodenseeraum lebende Bevölkerung und für die überregionalen Aufgaben der Bodenseeregion.
Kommission Kultur
1989 einigte sich die Internationalen Bodenseekonferenz auf die Bildung einer Kommission Kultur, der anfänglich auch noch der Bereich Wissenschaft zugeordnet war. Diese erhielt die Aufgabe, durch verschiedene Aktivitäten die Gemeinschaft und Identität in der Bodenseeregion zu stärken. Außerdem soll die Bodenseeregion außerhalb ihres Gebietes als Gesamtregion dargestellt werden.
Kommission Bildung, Wissenschaft und Forschung
Die Schaffung der Kommission Bildung, Wissenschaft und Forschung im Jahre 1992 geht auf den Beschluss zurück, das Tätigkeitsspektrum der Internationalen Bodenseekonferenz (IBK) auszudehnen. Die Kommission verfolgt die Ziele, das Bildungsangebot im Bodenseeraum zu vergleichen, die diesbezüglichen Möglichkeiten der Zusammenarbeit zu eruieren und entsprechende Vorhaben zu initiieren.
Kommission Wirtschaft
Die Schaffung der Kommission Wirtschaft Ende 1992 war getragen vom Bestreben, die Zusammenarbeit im wirtschaftlichen Bereich zu verstärken, um die vorhandenen Potentiale der Bodenseeregion dauerhaft und umweltverträglich nutzen zu können. Die Zielsetzung der Kommission besteht darin, die Wirtschaftsbeziehungen in der Bodenseeregion zu intensivieren und Voraussetzungen für einen gemeinsamen Markt zu schaffen. Diese Aufgabe hat vor dem Hintergrund, dass im Bodenseegebiet "drei europäische Integrationsräume" aufeinander treffen (Österreich und Deutschland als Mitglieder der Europäischen Union, Liechtenstein als Mitglied des Europäischen Wirtschaftsraumes und die Schweiz, die mit der Europäischen Union durch bilaterale Verträge verbunden ist) zusätzlich an Gewicht gewonnen.
Kommission Öffentlichkeitsarbeit
Seit 1992 besteht die Kommission Öffentlichkeitsarbeit, in der die Pressestellen bzw Öffentlichkeitsarbeitsreferate der Mitgliedsländer und -kantone der Internationalen Bodenseekonferenz (IBK) vertreten sind. Ziel der Arbeit der Kommission ist, durch gemeinsame Öffentlichkeitsarbeit verbindende Kontakte zwischen den Bodenseeanrainern herzustellen, die Arbeit der IBK nach außen darzustellen und die Präsenz der Bodenseeregion in den nationalen und internationalen Medien zu steigern.
Kommission Gesundheit und Soziales
Die ad-hoc-Kommission Gesundheit wurde mit Beschluss der 19. Regierungschefkonferenz der IBK am 19. November 1998 zur ordentlichen Kommission erhoben.