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Am See gelten andere Gesetze und Regelungen. Das Hoheitsgebiet der Anrainerstaaten endet in 25 m Tiefe. Der Uferbereich bis zu dieser Tiefe wird als „Halde“ bezeichnet. Fischereiberechtigt auf der Halde sind die Bodenseegemeinden Gaißau, Höchst, Fußach und Hard. Die Gemeinden haben dieses Recht an insgesamt15 Berufsfischer und zwei große Fischereivereine (FV Rheindelta, FV Hard) verpachtet. Auf dem Fischereigebiet der vier Gemeinden werden aktuell etwa 3.400 Jahreskarten und 3.700 Tageskarten ausgegeben. Damit ist die absolute Zahl der aktiven Angelfischer am See in Vorarlberg trotz der relativ kurzen Uferlinie weitaus am höchsten im Vergleich zu allen anderen Anrainerländern.
Auf der Halde vor Bregenz ist das Fischereirecht in privaten Händen und wird rein angelfischereilich genutzt – hierüber werden keine Zahlen bekannt gegeben. Ein Großteil der Halde in Vorarlberg liegt in Naturschutzgebieten. Das Vogelschutzgebiet Rheindelta erstreckt sich auf das gesamte Ufer zwischen der Schweizer Grenze am alten Rhein und der Dornbirnerach.

Jenseits der Halde liegt der „Hohe See“. Dabei handelt es sich um ein internationales Gewässer ohne Grenzen. Hier wird die Fischerei grundsätzlich überall von allen Anrainerstaaten gemeinsam betrieben. Voraussetzung für die tatsächliche Ausübung der Fischerei durch den Einzelnen ist natürlich eine entsprechende Erlaubnis eines der Fischereiberechtigten an der Halde. Rund um den See gelten im Wesentlichen dieselben fischereipolizeilichen Bestimmungen. Diese werden von der Internationalen Konferenz der Bevollmächtigten für die Bodenseefischerei (IBKF) beschlossen. Diese Konferenz führt die Fangergebnisse der Fischerei rund um den See zusammen, lässt ergänzende fischereiliche Untersuchungen durchführen und tritt einmal pro Jahr zusammen, um aufgrund dieser Ergebnisse über die weitere Vorgangsweise im Sinne einer nachhaltigen Fischerei zu beraten und gegebenenfalls Anpassungen der Schonbestimmungen vorzunehmen.

Im See leben insgesamt etwa 34 verschiedene Fischarten, davon gelten 29 als heimisch, die übrigen wurden vom Menschen eingebürgert, wie zum Beispiel der Kaulbarsch oder die Regenbogenforelle, aber auch der Zander.

Die Bodenseefischerei hat eine lange und sehr wechselvolle Geschichte. Speziell im vergangenen Jahrhundert erlebte die Fischerei am See extreme Hochs und Tiefs. So nahmen die Fänge ab den 60er Jahren mit der zunehmenden Eutrophierung und der Verbesserung der Fanggeräte kontinuierlich zu. Um 1980 war das Maximum erreicht. Die Fänge rund um den See beliefen sich auf beinahe 2.000 Tonnen im Jahr 1977 und 1.800 Tonne im Jahr 1986. Gleichzeitig zeigte der See jedoch Algenblüten und Sauerstoffarmut in der Tiefe. Durch die zunehmende Gewässerreinhaltung ab Ende der 80 er Jahre wurde die Wasserqualität ganz wesentlich verbessert. Enorme Fortschritte wurden in kurzer Zeit bei der Reinhaltung des Sees erreicht.

Heute dient er als Trinkwasserspeicher für 5 Millionen Menschen. Gleichzeitig gingen allerdings auch die Fischereierträge zurück. Aktuell werden insgesamt nur noch etwa 700 Tonnen Fische pro Jahr angelandet. Mit etwa 70 % machen die Felchen davon den Großteil aus, gefolgt vom Flussbarsch, Weißfischen, Hecht, Zander und Aal .Damit hat sich der ursprünglich von Coregonen (Felchen) geprägte See nach zwischenzeitlich gravierenden Verschiebungen hin zu einem hohen Barsch- und Weißfischanteil im Bestand wieder zum Coregonensee zurück entwickelt.
Die 15 Vorarlberger Berufsfischer landen derzeit etwa 70 Tonnen Fische an. Die Angelfischer fangen ca. 15 Tonnen.

Große Erfolge konnten bei der Erhaltung der Seeforelle erzielt werden, die Mitte der 1980er Jahre kurz vor dem Verschwinden war. Nunmehr gibt es wieder so viele Seeforellen im See, dass sie auch fischereilich genutzt werden können. Auch der Bestand an Seesaiblingen nimmt derzeit deutlich zu. Diese Fischart bevorzugt kalte saubere Voralpenseen, damit ist ihr Bestandsanstieg ein weiterer Hinweis auf die Verbesserung der Wasserqualität des Sees.

Eine Bedrohung für manche seltene Fischarten und in gewissem Ausmaß auch die Erträge der Fischerei stellt Bestand an Kormoranen rund um den See dar. Diese Vogelart ist ein höchst erfolgreicher Fischjäger, der bevorzugt in Gruppen in Seichtbereichen, an der Halde und selbst an den Netzen der Berufsfischer den Fischen nachstellt. Aufgrund des einseitigen Schutzes dieser Vogelart in den vergangenen Jahrzehnten haben sich die Bestandszahlen auf über 2 Millionen Tiere in Europa vervielfacht. Auch am Bodensee, an dem dieser Vogel in früherer Zeit nur auf dem Durchzug in geringen Stückzahlen vorgekommen ist, sind nun Brutkolonien entstanden; bis zu 2.000 Vögel bevölkern über das ganze Jahr den See. Sie entnehmen etwa 180 Tonnen Fische pro Jahr – dies sind immerhin über 20 % des Fangertrages der Berufsfischerei. Dabei bevorzugen auch sie „Edelfische“, wie z.B. Felchen, Hechte, Flussbarsche und Schleien.
Im Naturschutzgebiet Rheindelta wird versucht, durch geeignete Vergrämungsmaßnahmen das weitere Anwachsen der Brutkolonie in der Fußacher Bucht zu verhindern, und auf der Zahl von 30 – 60 Brutpaaren niedrig zu halten.